Parafia powstała przed 1325 r. z pierwszym drewnianym kościołem. Od 1508 patronami kościoła stali się nowi właściciele wsi – Firlejowie.

W 1603 r. rozpoczęto budowę nowej murowanej świątyni sumptem Henryka Firleja, późniejszego biskupa (od 1616 r.) i prymasa Polski (w l. 1624-1626). Budowę prowadził początkowo murator Piotr Durie, a przed 1614 r. (data ukończenia dekoracji sklepień) – murator, sztukator i kamieniarz Jan (Johann) Wolff. W 1617 r. kościół poświęcił sam bp Henryk Firlej.

Dnia 1 października 1617 roku odbyła się uroczysta konsekracja kościoła, której dokonał sam fundator Henryk Firlej ówczesny biskup Płocki. Tego samego dnia sporządzony zostaje akt erekcyjny nowego kościoła, oraz powołanej do życia Mansjonarii. O fakcie konsekracji kościoła, oraz o ustanowieniu i uposażeniu Mansjonarii zaświadcza napis na marmurowej tablicy pamiątkowej, umieszczonej nad wejściem do południowej zakrystii.

Kościół parafialny w Czemiernikach to obiekt jednonawowy z parą bocznych kaplic, z prezbiterium węższym i zakończonym półkoliście. Od frontu posiada dwie wieże wysokości 38 m.